U neposrednoj blizini mora nalaze se samostan i crkva sv. Frane. Na građevinama su tijekom vremena izvršene brojne preinake, koje su i danas uočljive i izvana. Crkva je ukrašena slikama, osobito njezin strop. U vrijeme barokizacije i ova velebna građevina ukrašena je baroknim oltarima, od kojih su pokrajnji očuvani do danas, dok je glavni mramorni oltar, s kamenom nadgradnjom, velikim dijelom odstranjen pri obnovi sedamdesetih godina prošlog stoljeća. Osobitu vrijednost u crkvi predstavljaju Nakićeve orgulje, koje su pri spomenutoj restauraciji maknute s kora i postavljene u lijevu pokrajnju kapelu.

Nova i prostrana crkva sv. Frane posvećena je 1423. godine. Resili su je prikladni drveni oltari, po svoj prilici u franjevačkom gotičkom slogu. U vrijeme barokizacije, poglavito tijekom XVII. stoljeća, postavljeni su novi barokni oltari s kamenim/mramornim podnožjem i drvenim nadgrađem, dok su glavni oltar i onaj sv. Križa, a kasnije i Gospin oltar kao i sv. Pavla, preimenovan u oltar bl. Nikole Tavilića, izrađeni posvema u mletačkom mramornom stilu. Crkva je imala sedam oltara, a povremeno i više. Mnogi oltari su nastali i podignuti kao zavjetni dar vjernika. Otud promjene naslovnika od kojih su nekoji potpuno nestali. Četiri barokna oltara imaju svoju posebnu povijesnu i umjetničku vrijednost.

Prostranost crkve i sedam oltara bili su razlog da je crkva sv. Frane bila određena kao sakralno mjesto u Šibeniku prikladno za dobivanje jubilarnih oprosta. Crkva je imala i neobično bogatu zbirku svetačkih relikvija, za svaki dan u godini od sveca koji se taj dan slavi.

Crkva sv. Frane u Šibeniku isticala se i time što su se u njoj stoljećima održavale paraliturgijske pobožnosti i obredi na hrvatskom jeziku, što je ponekad izazivalo i prijekore biskupa iz Mletaka, to tim više što je posjet vjernika bio brojčano izuzetno dobar. Crkva je od davnine imala i prikladne orgulje i orguljaše od kojih su većina bili sami fratri.